Ингибиторы слияния блокируют последний этап проникновения ВИЧ в клетку-мишень. Механизм слияния вируса и клетки весьма сложен. Упрощенная последовательность событий выглядит таким образом: связывание с рецептором CD4 и корецептором вызывает конформационные изменения в молекуле gp41 (трансмембранной субъединице белка наружной оболочки). В результате обнажается гидрофобный N-концевой домен молекулы gp41 (пептид слияния), который внедряется в мембрану клетки-мишени. Этот момент называется «промежуточная конформация прешпильки» и является мишенью для разных ингибиторов слияния, включая энфувиртид.

Значительным недостатком энфувиртида является инъекционный способ введения, что обуславливает частые местные побочные эффекты (инфильтраты и пр.).

Мутации резистентности к энфувиртиду появляются относительно быстро, но они значительно снижают жизнеспособность ВИЧ, что позволяет продолжить его использование в большинстве случаев.