Как излечить ВИЧ, когда нет инструментов для верификации излечения?
В августе журнал Nature Medicine опубликовал работу группы исследователей из трех крупных университетских центров США (Балтимора, Сан-Диего и Сан-Франциско), где было продемонстрировано отсутствие доступных инструментов контроля размера скрытых резервуаров ВИЧ при раннем начале терапии.
Полное секвенирование геномов группы из 19 пациентов из группы раннего начала терапии (до 100 дней после инфицирования), наблюдающихся в Университете Джона Хопкинса, показало, что от 90% до 98% скрытых в резервуарах провирусов ВИЧ являются лишь фрагментами провирусной ДНК, мутировавшими на ранних стадиях терапии, и более непригодных для репликации вируса — это была хорошая новость.
Плохой новостью стало следствие данной находки: для поиска стратегий излечения ВИЧ-инфекции исследователям крайне важно иметь возможность оценки скрытых резервуаров ВИЧ. Полное секвенирование генома является слишком длительной и весьма дорогостоящей процедурой даже для исследовательских целей, а текущие методы молекулярной диагностики, которые сегодня применяются исследователями, как выяснилось, не дают представления об истинном состоянии резервуаров ВИЧ и не позволяют отличать целостную и не подверженную фатальным мутациям провирусную ДНК от того, что по сути является уже генетическим мусором и не имеет значения в плане оценки размеров резервуаров ВИЧ.
До сих пор исследователи исходили из того, что выявленные методами ПЦР копии провирусной ДНК преимущественно являются функционально целостными и могут реализовывать репликацию ВИЧ, но получается, что может случиться и так, что исследователи добьются отсутствия в резервуарах годной для репликации провирусной ДНК и могут не заметить этого.
Анализ показал, что современные методы оценки резервуаров при помощи ПЦР ДНК ВИЧ могут завышать их размеры в сотни раз — медианное значение отклонений данных ПЦР ДНК по сравнению с данными полного секвенирования составило 188 раз.
На сегодня не существует технологий, которые бы позволили быстро решить проблему и предоставить ученым относительно дешевый и быстрый способ измерения истинного состояния резервуаров ВИЧ. Хочется надеяться, что вскоре такие технологии будут разработаны, однако, может оказаться, что исследователи не получат нужного инструментария до тех пор, пока технологии полного секвенирования генома значительно не подешевеют и не станут проще и быстрее.