Генетическое разнообразие ВИЧ может оказывать влияние на патогенез инфекции, риск передачи, ответ на лечение и разработку вакцины. Эпидемиологический надзор за частотой встречаемости и генетическим разнообразием подтипов ВИЧ на определенных территориях или в определенных группах пациентов, критически важен для эффективного сдерживания пандемии. Данная работа представляет собой первый всеобъемлющий доклад о разнообразии ВИЧ-1 в Ирландии. В исследование были включены все впервые выявленные случаи ВИЧ-1 инфекции, подтвержденные национальной вирусологической референс-лабораторией университетского колледжа Дублина с января 2004 г. до декабря 2008 г. Последовательности генов протеазы и обратной транскриптазы ВИЧ-1 были установлены с использованием системы генотипирования Siemens Trugene. Подтипы определялись при помощи веб-систем генотипирования.

Из 1579 случаев впервые выявленной ВИЧ-1 инфекции (615 [39%] женщины и 964 [61%] мужчины), в 1060 случаях РНК ВИЧ-1 была доступна для секвенирования. Среди всех секвенированных образцов ВИЧ-1, генотип В составил 50%, снижаясь с 55,1% в 2004 году до 49,5% в 2008. Кроме того, подтип В встречался более чем в 80% случаев у пациентов Ирландского происхождения, и в более чем 90% случаев инфекции у потребителей инъекционных наркотиков и мужчин, практикующих секс с мужчинами Ирландского происхождения. Вторым по частоте встречаемости в исследовании был генотип С, составляя 25% новых случаев. При этом, в группе пациентов Ирландского происхождения он встречался лишь в 6,1% случаев, при этом, как правило, не имелось свидетельств того, что инфицирование произошло в Ирландии.

Распространенность не-В подтипов ВИЧ-1 в Ирландии растет. Однако создается впечатление о том, что большинство этих случаев являются завозными. Не-В подтипы не циркулируют среди традиционных групп риска в Ирландии. Расширенный эпидемиологический надзор, включающий методы молекулярной эпидемиологии, необходим для наблюдения за распространением ВИЧ-1, для разработки стратегий в области здравоохранения, и, в конечном итоге – для сдерживания эпидемии ВИЧ-1 в Ирландии.