Эпидемия ВИЧ-1-инфекции в России остается недостаточно изученной; в настоящий момент секвенировано лишь 11 полных образцов геномов вируса из России, при этом только три из них представляют характерную для данной местности генетическую форму (подтип экс-СССР-А, A-FSU).

В данной работе мы представляем результаты анализа генома вируса подтипа FSU-A из 10 вновь полученных в России образцов. Образцы были отобраны на основании данных филогенетической классификации генов протеазы и обратной транскриптазы из двух основных кластеров подвида A-FSU: часто встречающегося в России и странах бывшего СССР варианта V77I-PR (n=6) и варианта A-SP1 (n=4), преобладающего в Петербурге.

В филогенетическом анализе было установлено, что геномы V77I-PR формируют монофильный кластер совместно с 10 ранее секвенированными геномами штамма A-FSU, полученными в Узбекистане, Казахстане, России и на Кипре, все геномы имеют замену V77I в гене протеазы. Четыре генома A-SP1 также формируют аналогичный монофильный кластер.

Результаты анализа почти полных геномов ВИЧ подтверждают монофилию кластеров V77I-PR и A-SP1 подтипа A-FSU.