Стандартные методы, используемые для изучения многообразия вариантов ВИЧ-1, весьма ресурсоемкие (например, амплификация генов, клональная амплификация или пиросеквенирование), и подобные методы исследований зачастую не применимы для больших когортных исследований. Существует потребность в методах, пригодных для решения проблем определения взаимоотношений между генетической интраиндивидуальной изменчивостью ВИЧ-1 и собственно заболеванием, вызываемым данным вирусом.

На небольшой группе пациентов была произведена валидизация трех методов для измерения генетического разнообразия ВИЧ: расчет информационной энтропии Шеннона, определение средней попарной дистанции при секвенировании индивидуальных геномов (APD) с использованием секвенирования одиночных молекул ДНК, а также оценка частоты смешанных оснований (вариантных нуклеотидов) в популяции вируса. Затем в большой когорте пациентов был использован метод оценки частоты вариантных нуклеотидов в геномах для выявления связей между имеющимся генетическим разнообразием ВИЧ у пациента и СПИД-ассоциированными заболеваниями.

Нормализованные значения по частоте вариантных нуклеотидов коррелировали с расчетами информационной энтропии Шеннона по обоим нуклеотидам (ранговый коэффициент корреляции, ρ = 0,72, р = 0,002) и уровню аминокислот (ρ = 0,59, р = 0,015), и по APD (ρ = 0,75, р = 0,001).

Среди участников, подвергнутых нейропсихологическому и общеклиническому обследованию (n=187), было установлено, что высокий уровень генетического разнообразия ВИЧ-1 связан как с проявлениями СПИДа, так и с нейропсихологическими расстройствами.