Расследование по генетическим следам

Оригинальное молекулярное эпидемиологическое исследование ученых из Швейцарии было опубликовано онлайн 20 июля в журнале AIDS. Был проведен анализ последовательностей гена pol ВИЧ-1 у 1058 пациентов, диагностированных до 2000 года, а результаты анализа сравнивались с таковыми, полученными у 780 лиц, диагностированных в период с 2000 по 2010 год, в исследовании отдельно рассматривалась подгруппа недавно инфицировавшихся (с 2008 по 2010 годы).

В исследуемых группах было выделено 214 различных кластеров ВИЧ. Филогенетический анализ показал, что среди лиц инфицировавшихся с 2008 по 2010 годы (n=142), 65% пациентов выявили носительство преимущественно новых кластеров ВИЧ, а в 41% случаев это были кластеры, характерные для инфицировавшихся в последнем изучаемом периоде (08-10 гг.), и только в 8% у недавно инфицированных лиц ВИЧ относился к кластерам, обнаруживаемым у пациентов, диагностированных до 2000 года.

Методы филогенетического анализа применяются для классификации нуклеотидных последовательностей несущих их штаммов ВИЧ. Эти методы позволяют, сравнивая нуклеотидные последовательности вирусного генома или его части, проследить эволюцию вируса и построить филогенетическое дерево, описывающее родство между штаммами с характерными нуклеотидными последовательностями. Филогенетический анализ позволяет с высокой точностью выявить группы близкородственных последовательностей, образующих «ветви» филогенетического дерева (кластеры), и установить хронологию их происхождения от общего предка.

Следует учесть, что в исследуемых группах среди пациентов с диагнозом ВИЧ-инфекции установленном до 2000 года, 84% получают АРВТ и в половине случаев имеют неопределяемую вирусную нагрузку, среди диагностированных с 2000 по 2008 годы АРВТ получают 75%, и неопределяемая вирусная нагрузка обнаружена у 42%, тогда как среди лиц, инфицировавшихся в 2008-2010 годах, только половина получает АРВТ, а неопределяемая вирусная нагрузка установлена лишь в 7% случаев. Медиана вирусной нагрузки также была значительно выше (р = 0,001) среди лиц, инфицированных с 2008 по 2010 годы.

Исследование наглядно демонстрирует, что основным источником передачи ВИЧ-инфекции являются люди не получающие АРВТ и имеющие определяемую вирусную нагрузку, в контексте данного исследования — лица, инфицированные относительно недавно.

Авторы исследования считают, что ранняя диагностика и широкое раннее начало терапии могут существенно влиять на эпидемиологические параметры ВИЧ-инфекции.


Ambrosioni J, Junier T, Delhumeau C. и др. «Impact of HAART on the molecular epidemiology of newly diagnosed HIV infections in Geneva, Switzerland» AIDS. 2012 Jul 20. [Epub ahead of print]