K.Schulten и J.Perilla, Beckman InstituteКоллектив американских ученых с помощью суперкомпьютера Национального центра суперкомпьютерных приложений (NCSA) Blue Waters построил модель зрелого капсида ВИЧ с атомарной точностью. Итоги этой многолетней работы опубликованы 29 мая в журнале Nature. Модель включает 1300 белковых структур из 64 миллиона атомов — это одна из грандиознейших молекулярных моделей, когда-либо созданных.

Капсид ВИЧ является и «контейнером» и «стартовой площадкой» для генетического материала вируса. Исследование капсида ВИЧ было этапным, ключом к построению модели стало понимание структур, образуемых CA-белком. Было установлено, что СА – белок образует пентамерные и гексамерные структуры, а капсид состоит из 216 гексамеров, в которые внедрены 12 пентамеров.

Варианты рендеринга капсида ВИЧ. Theoretical and Computational Biophysics Group (www.ks.uiuc.edu), Beckman Institute for Advanced Science and Technology, UIUC

Построение модели капсида ВИЧ открывает поистине широчайшие возможности для поиска и моделирования различных новых путей воздействия на вирус.

• Cracking the Code of HIV; Providing An Up-Close View of the Enemy, пресс-релиз 29 мая 2013 года, nsf.gov.
• Diana Yates «Wit, grit and a supercomputer yield chemical structure of HIV capsid» illinois.edu.
• «Mature HIV-1 capsid structure by cryo-electron microscopy and all-atom molecular dynamics» Nature 497, 643–646, published online 29 May 2013.